農業農村部黑龍江流域漁業生態環境監測中心(Heilongjiang River Basin Fishery Ecological Environment Monitoring Center，Ministry of Agriculture and Rural Affairs)成立于1986年，掛靠在中國水產科學研究院黑龍江水產研究所，是全國漁業生態環境監測網成員單位。

中心現有科研人員17人，其中研究員1人，副研究員5人，助理研究員9人，研究實習員（助理工程師）2人。中心實驗室面積2000余平方米。現有高分辨飛行時間質譜儀、液相色譜串聯三重四級桿質譜聯用儀、氣相色譜串聯三重四級桿質譜聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、COD和BOD測定儀等90多臺大型儀器設備，設備總值3000余萬元。可監測漁業水域水體、生物體及沉積環境中重金屬、石油烴、化學和生化耗氧量、營養鹽、微生物等200余項。可開展漁業水質標準（GB11607-89）中的全部項目和地表水水質標準（GB3838-2002）中的大部分水質項目的監測和分析。

中心長期從事黑龍江流域漁業生態環境監測、漁業水域污染事故的調查鑒定和評估、建設項目對漁業生態環境影響評價、水域使用論證、養殖物損害損失評估以及相關標準的制（修）訂等工作，為保障漁業水域環境安全和漁業的可持續發展發揮了積極作用。目前主要承擔黑龍江流域重要漁業水域生態環境監測、黑龍江流域典型水產養殖模式產排污監測技術指導與數據集成分析等項目。

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