農業部黑龍江流域漁業生態環境監測中心（Heilongjiang River Basin Fishery Ecological Environment Monitoring Center，Ministry of Agriculture）成立于1986年，掛靠在中國水產科學研究院黑龍江水產研究所，是農業部漁業污染事故調查鑒定甲級資質機構。中心建立以來參與了大量的漁業水域污染事故的調查鑒定工作，為保障漁業水域環境安全和漁業的可持續發展發揮了積極作用。

中心長期承擔黑龍江流域漁業生態環境監測、漁業水域污染事故的調查鑒定和評估、建設項目。監測水域包括額爾古納河根河段哲羅魚國家級水產種質資源保護區、黑龍江撫遠江段鱘魚和鰉魚產卵繁殖場、黑龍江蘿北段烏蘇里白鮭國家級水產種質資源保護區、盤古河細鱗魚江鱈國家級水產種質資源保護區、烏蘇里江大麻哈魚洄游通道、興凱湖翹嘴紅鲌等主要經濟魚類產卵場。監測項目包括重金屬、有機污染物、浮游生物等。承擔對漁業影響評價、水域使用論證、養殖物損害損失評估以及相關標準的制（修）訂等工作。

中心現有科研人員15人，其中研究員1人，副研究員4人，助理研究員5人，研究實習員5人。中心實驗室面積2000余平方米。現有高分辨飛行時間質譜儀、液相色譜串聯三重四級桿質譜聯用儀、氣相色譜串聯三重四級桿質譜聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、COD和BOD測定儀等90多臺大型儀器設備，設備總值3000余萬元。可監測漁業水域水體、生物體及沉積環境中重金屬、石油烴、化學和生化耗氧量、營養鹽、微生物等100余項。