轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

不同雅羅魚(yú)種群在自然水域中分布具有多樣性，對(duì)鹽堿水質(zhì)的耐受性存在較大的差異，在前期的生理實(shí)驗(yàn)中我們也得到了相同的結(jié)果（見(jiàn)生理生化部分）。這種特性為我們研究魚(yú)類(lèi)耐鹽堿的分子遺傳機(jī)制提供了非常好的實(shí)驗(yàn)材料。目前，課題組正在進(jìn)行耐鹽堿雅羅魚(yú)與非耐鹽堿雅羅魚(yú)mRNA水平上差異表達(dá)基因的轉(zhuǎn)錄組分析，以此期望批量篩選雅羅魚(yú)耐鹽堿相關(guān)候選基因及鑒定基因的表達(dá)情況。

目前測(cè)序工作已經(jīng)完成，正在進(jìn)行后續(xù)數(shù)據(jù)整理與分析。

芯片雜交

斑馬魚(yú)作為一種魚(yú)類(lèi)研究的模式物種，其芯片已經(jīng)市場(chǎng)化?；谏镄酒呢S富數(shù)據(jù)量和較為簡(jiǎn)易的特點(diǎn)，采用斑馬魚(yú)基因芯片分析堿處理前后雅羅魚(yú)多組織基因表達(dá)譜的差異。采用的斑馬魚(yú)基因芯片涵蓋有接近44,000個(gè)探針，可以最大程度的代表全基因組的表達(dá)譜。雅羅魚(yú)和斑馬魚(yú)同屬于硬骨魚(yú)綱的鯉形目，具有較近的親緣關(guān)系，更加容易取得結(jié)果。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示：

（1）30天脅迫條件下，3種組織中共有2489個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平明顯上調(diào)，其中鰓中1171個(gè)，腎中449個(gè)，腸中869個(gè)。有19個(gè)基因在3種組織中轉(zhuǎn)錄水平均發(fā)生了明顯上調(diào)，這些基因功能涉及DNA修復(fù)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因表達(dá)調(diào)控、離子轉(zhuǎn)運(yùn)、能量代謝調(diào)控以及細(xì)胞周期調(diào)控等。

（2）30天脅迫條件下，3種組織中共有1588個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平明顯下調(diào)，其中鰓中479個(gè)，腎中338個(gè)，腸中771個(gè)。有21個(gè)基因在3種組織中均發(fā)生了明顯下調(diào)，功能包括免疫應(yīng)答、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、離子轉(zhuǎn)運(yùn)、離子結(jié)合等。

（3）72小時(shí)應(yīng)急試驗(yàn)中，鰓中共有524個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平明顯上調(diào)，462個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平明顯下調(diào)，其中有157個(gè)基因在兩種條件下均上調(diào)，90個(gè)基因在兩種條件下都明顯下調(diào)。這些基因設(shè)計(jì)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，離子轉(zhuǎn)運(yùn)，能量代謝，免疫應(yīng)答等多個(gè)方面。